А у вас в семье или среди его окружения никто так не делает? У меня сын тоже так делал, когда еще в садик ходил (в ясельной группе), оказалось, что в его группе мальчик есть с плохим зрением, который сильно жмурится. Моему это понравилось и он начал повторять за ним. Мы потом долго от этой дурной привычки избавлялись... А сейчас в школе у кого-то подхватил новую "привычку" - брови насупливать, ходим вечно с недовольной моськой, как будто его кто-то обидел ))
Если переживаете, что может быть что-то с глазками, лучше сходите к окулисту. У нас в Феодосии есть очень толковый дядечка-офтальмолог, принимает в центре, на Советской, не помню как клиника называется, но она находится в торце здания напротив лимпопо, через дорогу.